北京市眼科研究所创建于1959年，隶属于首都医科大学附属北京同仁医院，是国内成立最早的眼科研究机构，经过45年的发展，已成为集科研、教学、临床于一体，在国内外眼科界具有一定影响的科研机构。面向社会，致力于改善视觉损害患者的生活质量，为广大人民群众服务，是研究所一贯的服务宗旨和发展理念。 眼科研究所曾有过辉煌的历史。1956年，北京生物制品研究所汤飞凡教授与张晓楼教授合作，在国际上首次成功分离出沙眼衣原体，获得“国际金质奖章”，1978年沙眼防治工作获全国医药卫生科技大会奖。经过几代科技人员的不懈努力，眼科研究所在角膜病、青光眼、白内障、眼底病、眼肿瘤等诸多领域颇有建树，多次获国家，北京市科技进步奖。眼科研究所设有博士后流动站、博士、硕士教学点，现任的博士生导师4人，硕士生导师4人，先后培养博士后11人，博士、硕士研究生59人。自1988年起，研究所被确定为世界卫生组织在我国的防盲合作中心，全国及北京市防盲指导组办公室也设在研究所。研究所负责编辑出版《眼科》、《国际眼科纵览》（原刊名《国外医学眼科分册》）两本国家级专业眼科杂志。 研究所设有三大部，即基础部、应用基础部和行政部，共9个科室，即眼微生物、眼生化、眼药理、眼病理、眼生理、防盲办公室、情报室、研发室、行政办公室，各实验室面向社会开放使用。现有科研课题，包括国家自然科学基金课题、863联合攻关课题、北京市自然科学基金、北京市科委课题等，共计34项。2000年，在徐亮所长的带领下，开展了北京地区眼病筛查工作，对青光眼、白内障、老年性黄斑变性等多种致盲眼病进行了流行病学研究。